本堂は畳敷きで、法華宗特有のウチワ太鼓等があります。
天井からの瓔珞（ようらく）、天蓋（てんがい）を隔てた正面に、本尊を祀る大きな（仏壇）須弥檀（しゅみだん）があります。
須弥檀は、法華経の教義に則り、曼陀羅（まんだら）形式で諸尊を配し祀っております。
宗祖日蓮聖人は、冬には綿帽子姿で中央上段に座し、その上の題目の左に釈迦如来（仏教の教主・法華経を説く）、釈尊の左に浄行・安立行菩薩、右に多宝如来（法華経の説かるべき在々処々に出現する如来）。
多宝如来の右側に上行・無辺行菩薩、（この四菩薩は、釈尊から法華経を末世の衆生に弘むべき使命を持つ）。
さらに中央左右に不動明王、愛染。
そして四隅に持国・増長・広目・多聞天王の仏教守護神を祀っている。
　この本尊仏壇の横に、本門法華宗の開祖日隆上人、その右側厨子に宗祖日蓮聖人。
左側には妙法寺創建檀那廣岡一族、歴代の住職檀信徒等の位牌壇、諸霊が安置されています。